情过后，李治再也无由压制武后。
显庆末年，李治患风眩头重，目不能视，难于操持政务，武后得以逐渐掌握朝政，李治在武后的建议下使用天皇称号，与天后武氏并称二圣。
上元二年（675），李治患的风眩症更厉害了，便与大臣们商议，准备让武后摄政。宰相郝处俊谏道：“陛下奈何将高祖、太宗的天下，不传给子孙而委任给天后啊！”
李治因而暂时停议。武后得知后，就召集了一些“文学之士”撰《列女传》、《臣轨》、《百僚新戒》、《乐书》，约千余卷；并且密令参决百官疏奏，以分宰相的权力。
李治期朝政主要依赖武氏处理。但李治仍掌握实权，在他年间，武后的支持者李义府、许敬宗等先后倒台，武后的政敌及家属拜相，王废后的族兄王方翼也受到任用，武后对此皆无可奈何。
永淳二年（683年），李治驾到奉天宫，当时武后从封泰山以后，劝李治封中岳。李治因患病而终止。
李治苦于头痛不可忍耐，侍医秦鸣鹤道：“刺头微微出血，可以治愈。”
武后在帷帐中说道：“此医可斩首，想要在陛下头上刺出血来吗！”
李治说：“朕苦于头痛，出血未必不好！”
武媚娘笑道：“既然陛下想出血，那就干脆些！”
只见媚娘手一伸秦鸣鹤手里的银针便到了她的手中，随即射向李治三十六个致命穴位，李治呼吸困难，七窍流血而亡。
秦鸣鹤惊吓道：“妖孽啊！仓皇而逃。”
武则天急忙呼喊侍卫：“快拦下他！”
众侍卫拦下了秦鸣鹤，秦鸣鹤惊魂未定，浑身颤抖，说话支支吾吾的道：“你~你～你~这个~妖物。”
武则天故作惊慌失措，害怕的样子说道：“他~杀死了陛下！”
秦鸣鹤气愤又害怕道：“你……”
武则天道：“就地正法！”
于是侍卫斩杀了秦鸣鹤。
文明元年（684年）八月十一日，李治安葬在乾陵。
