崇祯二年（1629）十月，后金铁骑第一次入塞，威胁北京。袁崇焕入卫京师，被逮，次年被杀。
崇祯二年（1629）除夕，三公主出生于北京紫禁城后官。当日，父亲朱由检得古玉昆仑玦一枚，为她取名为朱媺玉。母亲以怀玉为其乳名，人称怀玉公主。
崇祯三年（1630）五月，后金军返辽东。十二月，再加派辽饷153万余两，共计680万余两。
崇祯四年（1631）八月，清军围攻辽东前线重镇大凌河，十月城降。
崇祯五年（1632）八月，皇三子朱慈炯生，后封定王。
崇祯六年（1633）六月，皇四子朱慈焕生，后封永王。
崇祯七年（1634）七月，后金军第二次入塞，蹂躏宣府、大同一带。十一月，陈奇瑜以剿抚无效罢职逮治，改任洪承畴为五省总督。
崇祯八年（1635）正月，农民军克凤阳，掘皇陵。明廷调集各省精兵7万余在中原进行会剿。
崇祯九年（1636）四月，皇太极即皇帝位，建国号大清，改元崇德。七月，清军第三次入塞，攻掠京畿地区。九月返回。
崇祯十年（1637）年初，相继发生告复社“败坏风俗”、“以乱天下”的事件。三月，杨嗣昌出任兵部尚书，提出“十面张网”的对农民军作战计划。
崇祯十一年（1638）九月，清军第四次入塞，扫荡畿南、山东。陷真定、广平、顺德、大名等地。大学士孙承宗殉职，卢象升在巨鹿阵亡，京师***。两面受敌的明朝，不得不从西线把主帅洪承畴调来，与孙传庭率军入卫。
同年，李自成部遭明军围剿，损失惨重，仅余十八人。陕西省延安市富县太平村发现的《李自成家谱》表明，李自成是西夏国王李元昊的后代，系党项族。
崇祯十二年（1639）正月，清军克济南，掳德王。五月，张献忠、罗汝才在谷城、房县再度起义。七月，农民军在罗猴山大败明军左良玉等部。
崇祯十三年（1640）二月，张献忠在玛瑙山受到重创。秋，张献忠、罗汝才部四川，攻克大批州、县。同年，清军攻锦州及宁远，洪承畴派兵出援，败于塔山、杏山。
崇祯十四年（1641）正月，李自成部复振，攻克洛阳，杀福王。张献忠部出川，二月克襄阳，杀襄王。同年春，清军对锦州实行包围，明廷调集13万大军出山海关救援。
为挽救辽东危局，明廷遣洪承畴领精锐十三万集结宁远。三月，皇太极发大兵围攻锦州，采取长期围困方针，势在必克。八月，皇太极切断明军粮道和归路，洪承畴主张决一死战，而各部总兵官主张南撤，最后集议背山突围。遭到伏击，十三万精锐土崩瓦解，先后被斩杀者五万三千多人，自相践踏及赴海而死者无计其数。洪承畴带领残兵万余人，被清军围困于松山，饷援皆绝。
