毛泽东毕竟是驾驭战略全局的军事家。“9•13”余震未消，老人家立即调兵遣将，全面作出准备打仗的人事安排，以防外敌可能乘机发动的军事冒险。在这个背景下，杨勇和一批开国战将重获自由并被委以重任。
毛泽东分析苏军的战略企图和兵力部署后认为，三北（东北、华北、西北）方向，将是敌军突击的主要方向，由此得出“三军用命，‘三北’为重”的结论，把几员赫赫战将分别放在“三北”4大军区的要害岗位上。杨勇于1972年5月被任命为沈阳军区副司令员，军区党委第三书记，协助陈锡联主持军事工作，主管作战、边防事务。
毛泽东运筹帷幄，共和国危机缓解。这时距林彪摔死才半年多时间。
1973年5月下旬，杨勇接到让他去北京参加中央工作会议的通知。这次会议主要是讨论准备召开“十大”、批林整风和国民经济计划等问题。
参加会议的大军区领导都是司令员、政委，唯独沈阳军区多去了一位副司令员。杨勇有点纳闷，问陈锡联是怎么回事？
陈锡联回答：“你的工作有变动。”
“到哪里？”
“新疆！是毛主席提名、政治局讨论决定的。”
杨勇顿了片刻说：“新疆？那我得去！”
杨勇在关押期间，被折磨成严重的肺气肿，先一年重新分配工作时，他曾表达过到南方几个军区工作的想法，后来听说是毛主席点将让他去东北，杨勇二话没说，接到命令就去报到。不到一年时间，东北大地的兵营和阵地都留下了他的足迹。杨勇以“革命不拼命，不算真革命”的精神，想在垂暮之年只争朝夕，把毛主席“要准备打仗”的要求落实到白山黑水的大地上。突然听到要去新疆工作，对他这个解除隔离才一年多的人来说，还真是有些始料不及！
中央关于杨勇担任新疆军区司令员和自治区党委第二书记的决定，是周恩来正式通知杨勇的。
中央工作会议前后，周恩来两次同杨勇谈话，讲了中央决定他任职的来龙去脉和新疆军队与地方的基本情况，向杨勇提示了去新疆工作应注意的问题。但是关于两次谈话的内容，鉴于新疆领导层当时的复杂情况，杨勇对外传达还是有所保留的。为了维护领导班子团结，杨勇主要是通过实际工作全面贯彻落实周恩来的指示精神。
1977年8月，杨勇恋恋不舍地告别呕心沥血4年多的新疆，再度回到北京，出任解放军副总参谋长、总参党委第二书记，协助总参谋长邓小平主持总参全面工作。但是，新疆社会稳定和部队团结中潜藏的问题，杨勇仍然时刻密切关注着。
1980年底，身居军委副秘书长的杨勇与另一位副秘书长韦国清向军委建议，调北京军区政治部副主任李宣化到乌鲁木齐军区政治部当主任。
