西北战事结束后，雍正并未撤销军机处，反而在第二年增设办理文书事务的“小军机”——军机章京；雍正九年，又铸军机处印信，储于大内。一个临时机构，为何能存在如此之久，影响如此之大？因为皇帝凭借军机处，掌握了“乾纲独断”的技术，破解了集权统治的难题。
创设军机处，既是对准噶尔用兵的需要，也是集中权力的需要。军机处创设之后，早先的议政王大臣会议徒具虚名，议政王大臣成了虚衔，无应办之事，有名而无实，在乾隆年间最终被裁撤。南书房虽仍为翰林入值之所，但已不参与政务，主要负责文辞书画。但入南书房行走却一直是清代士人心中的最大荣耀，皇帝也常让亲信大臣入南书房作为奖励。
雍正帝养心殿的西暖阁，是雍正皇帝处理政务，批阅奏章的地方。墙壁上悬挂着一副雍正手书的对联，十分醒目：惟以一人治天下，岂为天下奉一人。皇帝不加掩饰地表达了他对集权的渴望。那么，他又是如何做到的呢？
秘密在于军机处的三个字：“勤”、“速”、“密”。雍正追求高效。军机处一成立，雍正皇帝就规定，不管有多少公文，必须在当天完成。即便一天的奏折多达几百件，也必须连夜处理完毕。皇帝如此严格要求，军机大臣的工作就很辛苦了。
王文韶是清末的一位军机大臣。在他的日记中，留下了军机大臣辛苦工作的记录。每日寅时初(凌晨三点)天还没亮，王文韶就要入值军机了。光绪七年的元旦，他凌晨二点就到了值庐(军机处所在地)，直到早晨七八点才能稍微缓一口气，休息一下。夜里办公腹中饥饿，军机大臣们会在离家前先吃好夜宵。皇帝也考虑得很周到，军机处办公室的门廊下，总会摆放着一盘盘烧饼油条，供大臣们充饥。
凌晨3点，紫禁城内一片漆黑，唯有军机处值庐中灯火通明。不过，最辛苦的人不是军机大臣，而是负责撰拟谕旨和管理档案的军机章京。军机处成立后，权责日重。举凡政治、军事、经济、外交事务，莫不经过军机处，单凭几个军机大臣已经处理不过来了。于是军机处成立的第二年，就增设军机章京。起初军机章京无定额，从内阁中书、笔贴式等官员中选调。
嘉庆四年(公元1799年)起，定军机章京满汉各十六人，分为满汉各两班。每班的领头称为“达拉密”，由他领着章京们在军机处值班。通常情况下，满汉章京轮流值日，每班值两日。即便是大年初一，军机处也要当差入值。
军机处最强调效率与速度。军机大臣的工作流程，生动地展示了这里的“速度与激情”：军机大臣入值后，约莫五六点钟，天刚蒙蒙亮，就要去养心殿面见皇帝，聆听皇帝对政务的处理意见，这叫“承旨”。皇帝在征询军机大臣对政务的意见后下达指示，军机大臣就会急匆匆赶回五十米以外的军机处，将皇帝的意思“述旨”给军机章京，章京们走笔如飞，执笔“拟旨”。军机大臣拿着拟好的谕旨，再赶回养心殿报皇帝批准。一来一去，不过一个时辰，许多政务就处理完了。
