牵涉进刺宋案后，赵秉钧自请免职，好不容易才获得袁世凯的批准。第二年春，他死在家中床头。对他的死因，历来有诸多传言，但多半认定袁世凯派人投毒。但赵秉钧之孙赵纯佑在1998年给族人的信中却说，家属亲见赵秉钧死于脑溢血，并没有所谓的七孔流血，“后人作传，妄加枝叶，引人猜疑袁因涉有加害之嫌，指为北洋集团离心之始。”
不过，等到南北议和，临时大总统之位易手时，孙中山又开始赞成内阁制，努力
使并非“置信推举”的袁世凯成为“神圣赘疣”。对于为什么主张内阁制，一年后宋教仁在***上海交通部的演讲说得很明白，“吾人则主张内阁制，以期造成议院政治者也。盖内阁不善而可以更迭之，总统不善则无术变异之，如必欲变异之，必致动摇国本，此吾人所以不取总统制，而取内阁制也。”在日记中，他曾指责孙中山做事“近于专制跋扈”。
南京临时政府成立，孙中山提交的第一份内阁名单未获通过，因为党内有不少人反对宋教仁出任内务卿，有些人甚至声言非把他逐出同盟会不可。这种声音，直到宋教仁被刺前也未完全消失。不管刺宋是不是袁世凯授意，事后来看他的确是最终受益者。
台湾史学家吴相湘综合各种史料提出，当时宋教仁、黄兴已计划在正式总统
选举中推举黎元洪，而由宋以国会多数党领袖身份出任总理掌握实权，将袁世凯
排斥在政府外。
宋教仁留给***参议、《民立报》社长于右任的遗嘱是，“诸公皆当勉力进行，勿以我为念，而放弃责任心。我为调和南北事费尽心力，造谣者及一班人民不知原委，每多误解，我受痛苦也是应当的，死亦何悔？”驻院陪护他的《民立报》记者周锡三曾听他在神志清醒时说，“吾不料南北调和之事，乃若是之难。时事如斯，奈何！奈何！”宋似乎认为，他的被刺只因努力调和南北而被误会。如此说来，他没有将袁世凯视为行刺的主谋，因为袁不可能在这件事上“误会”他。
更耐人寻味的是，宋教仁临终并未提及孙中山，反委托黄兴代拟一电发给袁世凯，慨叹“国本未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨”，冀望袁能“开诚心布公道，竭力保障民权，俾国家得确定不拔之宪法”，“则虽死之日犹生之年。临死哀言，尚祈鉴纳。”
宋辞世后，***籍国会议员仍按原计划北上。1913年4月8日，民国第一届国会正式开幕。25日，参议院选举***籍议员张继为议长，王正廷为副议长。但历史已经悄然转入另一条轨道。据***籍议员邹鲁回忆，宋教仁死后，党内其他领袖不能北上主持大局，北京***本部群龙无首，不但不能联络其他党派，甚至统一本党也有困难。***原是联合各派而成，但老资格的同盟会远比其他派别激进，相对稳健的派别不以为然，加上局势低迷，许多人纷纷脱党。由梁启超等人策动，共和、统一、民主三党合并为进步党，在国会中声势顿增，***声势日减。
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